​Entre los siglos XII y XIII, el recinto constituyó la almunia real o residencia de recreo de los gobernantes murcianos, un espacio ligado al poder político, económico y religioso musulmán y que fue construido extramuros de la madina de Murcia. El conjunto palatino estaba rodeado de huertos y jardines de recreo que ocupaban una extensión mucho mayor a la que hoy conserva el Monasterio. La riqueza arquitectónica y ornamental de los palacios pone de manifiesto la importancia y protagonismo adquirido por Murcia y la región de Sharq al Andalus en el período previo a la llegada de los reinos cristianos.

El edificio alberga residencias palaciales de recreo de la nobleza islámica durante los siglos XII y XIII. En primer lugar fue morada palacial de recreo en época almorávide y durante el reinado de Ibn Mardanish (1147- 1172). En el momento anterior a la conquista, el último gobernante musulmán Ibn Hud al Mutawakkil (1228-1238), remodeló el conjunto palacial por completo y mandó construir un nuevo edificio, el magnífico palacio que hoy se conserva en perfecto estado en su sector norte. Este Alcázar Menor o Qasr al-Sagir, como fue denominado en las fuentes cristianas, constituye el ejemplo de arquitectura palatina islámica del siglo XIII mejor conservado en toda la península Ibérica. Tras la sublevación de los mudéjares (1264- 1266), el palacio pasó a manos de la monarquía cristiana convirtiéndose en Casa Real. En 1365, Pedro I entregó el antiguo palacio musulmán a la Orden franciscana de Las Clarisas, que custodia el conjunto monumental desde entonces hasta la actualidad.

Bajo el patronazgo de algunos regidores del concejo murciano, se levantó una primera iglesia gótica adosada por el este al conjunto palatino, de la que hoy se conserva una magnífica bóveda de dragones en la antigua sala del coro alto. También desde fechas tempranas se amortizó la gran alberca y los arriates del patio hasta convertirlos en una zona de huerta para el propio abastecimiento de las religiosas. En los albores de la Edad Moderna, se construyó la doble galería gótica adosándola a las crujías y fachadas del pórtico islámico. Los amplios salones y pórticos del último palacio musulmán fueron subdivididos para crear las diferentes dependencias del convento. Posteriormente, el viejo templo gótico se sustituyó por una Iglesia Barroca de nueva planta en el siglo XVII.

No se producen remodelaciones significativas en la estructura del edificio hasta el siglo XX, cuando la Orden de Las Clarisas se ve obligada a vender el ala Oeste del monasterio. También en la década de los sesenta del siglo XX, fueron alquiladas otras dependencias del ala sur del convento lo que produjo el desmantelamiento de arcos y elementos arquitectónicos del antiguo palacio del siglo XIII, que afortunadamente se conservaron y trasladaron al Museo Arqueológico de Murcia.

En los años ochenta del siglo XX, comienzan a realizarse trabajos de excavación y restauración del edificio que sacan a la luz algunas estructuras del palacio del siglo XII. A continuación, en las obras de remodelación del convento, se descubren restos decorativos y escultóricos del ala norte del palacio musulmán del siglo XIII. Las posteriores obras de remodelación y restauración nos permiten admirar hoy día los magníficos vestigios de estos dos conjuntos palatinos en los que se ha instalado la sección de arqueología del Museo Santa Clara.