Altar y Retablo Mayor:

El Retablo Mayor se configura como una fábrica de bruñidos mármoles veteados y jaspes, pintura y estofa. La calle central está ocupada por el camarín de la titular, Nuestra Señora de Gracia y Buen Suceso, talla de vestir (150x60x50 cm), obra del siglo XVIII. Del Setecientos son también:

San Joaquín y la Virgen Niña Madera tallada y policromada de 134x53x48 cm.

San José con el Niño. Madera tallada y policromada de 134x53x48 cm.

Ambas están adscritas a Francisco Salzillo, como también lo están dos Ángeles Ceriferarios de 100x52x75 cm., ambas tallas de madera policromada y estofada.

En el altar mayor se halla también un tabernáculo del siglo XVIII (306x160x123) realizado en madera dorada y la custodia en madera dorada diseñada por Francisco Salzillo (106x51x20 cm), procedente de la Iglesia de San Esteban de Murcia.

Siguiendo el lado del Evangelio, las capillas son:

Primera Capilla. San Juan de Dios. Imagen del cotitular. Talla de Vestir, anónimo, de 162x70x45 cm. S. XVIII.

Capilla del Cristo de la Salud. Talla en madera policromada, 205x195x27 cm., anónimo, siglo XV-XVI. Titular de la Cofradía homónima, cuya sede se encuentra en dicha Iglesia.

Capilla del Cristo Yacente. En la actualidad, este espacio es ocupado por San Francisco de Borja y una serie de medallones de impronta salzillesca: San Francisco de Borja. Obra de Nicolás de Bussy, madera tallada y policromada de 1665x87x75 cm, procede del Retablo de San Francisco de Borja de la Iglesia de San Esteban ( Convento de Jesuitas). Depositada en el Museo de Bellas Artes de Murcia por la CARM en 1988, pasó años después a formar parte de la exposición permanente de San Juan de Dios (18 de julio de 1996). Medallones con los bustos de La Dolorosa (36x23x5 cm) San Juan (21x17x7 cm.), San José (17x13x6 cm.) y San Antonio de Padua (18x12x7 cm.). Adquiridos por la CARM en 1989 para el Museo de Bellas Artes. Exhibidos en la Sala IV de dicho Museo. Fueron depositados en San Juan de Dios el 18 de julio de 1996. Se hallan expuestos dentro de la urna que otrora ocupara el Yacente.

En la contraportada del acceso, delante del cierre del cancel y enfrentándose al Altar Mayor se ha instalado el grupo de El Calvario. Formado por tres esculturas de cronología y factura desigual. El Cristo Crucificado, (100x90x24 cm.) obra anónima adscrita a los parámetros de Domingo Beltrán, es una talla del siglo XVI. La Dolorosa, (88x44x33 cm.) talla en madera policromada, es obra del S. XVIII. San Juan Evangelista, obra de menor calidad es una talla de madera con encolados de 91x55x30 cm. Pieza de taller u obrador del siglo XVIII, sus características formales la definen como una escultura de tono menor, respecto a las anteriores.

Este conjunto formó parte del calvario de uno de los retablos de San Esteban hasta su Depósito por la CARM en el Museo de Bellas Artes(1987). En julio de 1996 pasó a la Colección permanente de San Juan de Dios.

Dos hermosas tallas del primer tercio del siglo XVII se disponen en pendant a un lado y otro del cancel de acceso a la Iglesia de San Juan de Dios: Ecce Homo (150x50x40 cm.) y Resucitado (150x70x42 cm.) . Ambas pertenecientes a la propia iglesia, y por tanto, de Titularidad Autonómica.

Siguiendo el lado del Evangelio desde el Altar Mayor se disponen las siguientes Capillas:

Capilla de San Rafael. Madera tallada y policromada de 112x55x83 cm, obra de Francisco Salzillo. Procede de la Iglesia de San Juan de Dios. Restaurada entre 1990-1992, fue expuesta en la Exposición Universal de Sevilla en 1992. Ingresada ese mismo año en el Museo de Bellas Artes como Depósito de la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia, se verificó su traslado a su antigua procedencia en julio de 1996.

Capilla ocupada por la Virgen de la Asunción y la Dormición o Tránsito de la Virgen. La primera de ellas, es una talla de Titularidad Estatal depositada para su exposición permanente (Comodato, 1999). Se trata de una escultura en madera policromada y estofada, de 91x42x25, adscrita al primer tercio del siglo XVI. La Dormición de la Virgen, por el contrario, se halla expuesta en su tradicional espacio, una urna acristalada en tres de sus frentes. Es una talla de vestir de 140x40x25 cm, de incierta cronología.

Capilla ocupada por La Virgen de la Soledad y El Yacente. Ambos son de Titularidad Autonómica, siendo El Yacente, Titular de la Cofradía que lleva su nombre, con sede en San Juan de Dios.

La Soledad es una talla de vestir, de 152x60x45 cm. Anónimo, S. XVIII.

Cristo Muerto o El Yacente (30x193x50 cm.) es una talla del siglo XVI, obra de Diego de Ayala.

El inmueble que alberga el museo fue declarado BIC en Boletín Oficial del Estado de 10-11-1980.